Como sede episcopal de la Prelatura, Moyobamba tiene un papel especial en la vida pastoral y administrativa de la Iglesia local. Desde la Catedral de Santiago Apóstol, templo principal de la Prelatura, se anima la vida espiritual y misionera de todas las comunidades, promoviendo la comunión, la evangelización y la formación de los fieles.
El decano, padre José Joaquín Morales Arriero, es quien preside el Decanato.
Esta capilla levantada hace muchas décadas, con mucho esfuerzo por los vecinos del barrio de Lluyllucucha, fue erigida como Parroquia en el año 1980. Aquí se celebra la Santa Misa cada domingo, y es lugar muy querido de oración para muchos moyobambinos. Parroquia Sagrado Corazón de Jesús Párroco: P. Jaime Ruiz del Castillo y UbachDirección: Jr. Trujillo
Santa Iglesia Catedral A finales de noviembre del año 2016, en vísperas de la Solemnidad de Cristo Rey, Monseñor Rafael Escudero López-Brea consagraba este Templo, totalmente remodelado, heredero de aquella primera Iglesia Parroquial que ocupaba el terreno en el que ahora se erige la Prelatura. También hubo templo catedral en el solar adyacente al Jr.